По приглашению Скифа, ставшего властелином города Занклы близ Сицилийского пролива и нуждавшегося в сведущих в морском деле эллинах, для того чтобы с их помощью основать новые колонии на северном берегу Сицилии, по тому же пути направились и одиннадцать самосских кораблей. Самосцы причалили к Локрам, где господствовал Анаксил, коварный противник Скифа. Он убедил их лучше занять самим Занклу, вместо того чтобы, как орудие тирана, брать на себя трудное дело основания нового поселения, тем более что Скиф со всем своим войском отсутствовал в это время, занятый экспедицией против сикулов. Скиф, оставленный всеми союзниками, внезапно стал безродным и явился изгнанником ко двору царя Дария, который сумел оценить этого человека и дал ему в лен остров Кос.
Таким образом, последний флот, который могли выставить ионийцы, рассеялся во все стороны частью еще до начала военных действий, частью по окончании их. Милет остался без защиты, но не сдался, потому что знал, что не будет пощады городу. И со стороны моря, и с суши его окружили значительно превосходившие его силами враги, стены его пришлось разрушать с помощью осадных машин, город мог быть взят только штурмом. Наконец-то персы имели возможность мстить ионийцам. В отместку за сожжение Сард город был превращен в пепел, все граждане, способные носить оружие, были умерщвлены, остальные отведены в Сузы и, по повелению царя, поселены в Ампе близ устья Тигра. Опустевшая городская территория осталась в руках персов и под их непосредственным наблюдением; горная страна была отдана карийцам, у которых предки милетцев некогда оттягали ее. Святилище Аполлона в Дидимах стало жертвой пламени, после того как персы, по предсказанию Гекатея, вознаградили себя из его сокровищ за все убытки.
После гибели Милета сухопутное войско довершило покорение Карии. Финикийцы исправили свои корабли и с торжеством прошли по свободному от вражеского флота морю Ионии, от которого они были оттеснены в течение многих веков.
На севере все еще действовал Гистиэй. Он напал на хиосцев, чтобы отомстить им за прошлое, осадил потом Фасос и возобновил свои планы господства над Фракией. Во время одного набега он был взят в плен и предстал перед лицом своего злейшего врага. Артаферн немедленно велел распять его, между тем как Дарий с трогательной дружеской верностью старался выказать свою признательность Гистиэю, отдавая почести его голове, присланной к нему Артаферном.
Но наказание коснулось не одного только Милета. Тяжко пострадавший остров Хиос, жители которого смыли героизмом, выказанным ими под Ладой, прежние пятна своей истории, прекрасный остров Лесбос и, наконец, остров Тенедос не только были покорены, но подверглись жесточайшему насилию и стали совершенно безлюдными вследствие начавшейся отныне настоящей травли людей. Самые статные мальчики толпами отсылались в Сузы на должность евнухов, красивейшие девушки похищались для гарема царя и его вельмож.
Артаферн оказал большие услуги своему господину и в военное, и в мирное время. Всякое сопротивление было подавлено в Малой Азии, а распоряжения, сделанные им в финансовом отношении, были так целесообразны, что остались действенными и впоследствии.
Тем не менее он за свои услуги не увидел благодарности. Враждебная ему партия лишила его доверия его царственного брата; говорили, что он действовал слишком медленно, достиг слишком малых результатов. Все ведение войны подвергалось порицанию. Вследствие этого все главнокомандующие приморскими областями были отставлены от должностей, и для того чтобы унизить искушенного военачальника и государственного человека, главное начальство было поручено неопытному юноше Мардонию, сыну Гобрия, за которого царь незадолго до этого выдал свою дочь Артазостру. Он поставил его, дав обширные полномочия, во главе всех своих сухопутных и морских сил и ожидал от его юношеской энергии величайших результатов.
