В сентябре 1908 г. российский министр иностранных дел А.П. Извольский был приглашен австрийским послом в России графом Л. Берхтольдом в замок Бухлау в Моравии, где обсудил с Эренталем ставшую уже известной проблему аннексии Австро-Венгрией Боснии и Герцеговины. На встрече Эренталь, ссылаясь на враждебность Сербии и Черногории к Австро-Венгрии, категорически отверг предложение Извольского о территориальных компенсациях для этих Балканских стран посредством раздела между ними Новопазарского санджака и изменения их границ за счет Боснии и Герцеговины. При этом Эренталь заявил о готовности вывести войска двуединой монархии из санджака и вернуть его Турции. Австрийский министр обещал России «дружественное и благожелательное отношение» при постановке Петербургом вопроса о свободном проходе российских военных судов через Черноморские проливы.
Между тем Извольский полагал, что Австро-Венгрия прежде, чем аннексировать Боснию и Герцеговину, представит свой замысел на рассмотрение конгресса великих держав. Однако Эренталь «обвел его вокруг пальца». «Верность нибелунгов», проявленная Германией к своему союзнику, обусловливалась не только тесным взаимодействием с Веной, являвшейся ее единственной политической опорой в Европе и естественным мостом, связывавшим ее с Османской империей, где германские капиталовложения и политические интересы были столь велики. Совместное противостояние крепнувшему франко-русскому союзу побуждало Германию все больше отходить от политики сдерживания Дунайской монархии.
Аннексия Боснии и Герцеговины не могла быть неожиданной для Берлина, так как там знали об экспансионистских замыслах Эренталя. «Наше положение,— писал Бюлов 5 октября 1908 г. Вильгельму II,— стало бы действительно рискованным, если бы Австро-Венгрия утратила к нам доверие и отошла от нас. Пока обе [державы] вместе, мы образуем … блок, к которому никто так легко не рискнет приблизиться. Именно в больших восточных вопросах мы не должны вступать в противоречие с Австро-Венгрией, которая имеет на Балканском полуострове более близкие и важные интересы, чем мы. Австро-Венгрия нам никогда не простила бы отрицательной или даже робкой и мелочной позиции в вопросе об аннексии Боснии и Герцеговины».
7 октября 1908 г. монархия Габсбургов возвестила об аннексии обеих оккупированных ею османских провинций. А за два дня до этого по предварительной договоренности с Австро-Венгрией болгарский князь Фердинанд Кобургский провозгласил независимость Болгарии и принял титул царя, опередив, таким образом, Дунайскую монархию в роли нарушителя Берлинского трактата.
Германский посол в Петербурге граф Ф. Пурталес, обосновывая необходимость поддержки Берлином Австро-Венгрии, в декабре 1908 г. утверждал, что если двуединая монархия, а вместе с ней и Германия будут поставлены «на колени» созданной Англией Антантой, то Германия и Австрия окажутся в Европе в униженном положении, из которого не будет «в конце концов больше никакого спасения, кроме войны».
И внутри дуалистической монархии, и вне ее аннексия Боснии и Герцеговины вызвала сильное возбуждение южных славян, прежде всего Сербии, претендовавшей на обе провинции, где преобладало население сербского происхождения, и возлагавшей надежды на поддержку со стороны России.
В германских правящих кругах, сознававших высокую вероятность войны Австро-Венгрии с Сербией и Черногорией, активизировались сторонники военного решения возникших проблем с Россией, что для Берлина фактически означало также и войну с Францией. Занимавший долгое время пост российского посла в Берлине граф Ф.Д. Остен-Сакен отмечал в те дни, что «военная партия» в Германии вдохновляется бесспорной готовностью армии и «других слоев общества» к войне. После скандального и некомпетентного интервью кайзера в октябре 1908 г. английской газете «Дейли Телеграф», крайне вредного для престижа и интересов Германии, «военная партия» усматривала в войне единственно возможное средство восстановить поколебленную в глазах народных масс репутацию монархии. С другой стороны, военные круги были уверены в том, что существовавшее тогда временное превосходство германской армии сулит огромные шансы на успех. Такая убежденность, по мнению российского дипломата, могла соблазнить кайзера и придать его внешней политике крайне воинственный характер.
В январе 1909 г. началась переписка начальников генеральных штабов австро-венгерской и германской армий Ф. Конрада фон Хётцендорфа и Г. фон Мольтке по согласованию конкретных мер на случай возникновения континентальной войны. Мольтке заверил своего венского коллегу, что, если вступление австрийских войск в Сербию вызовет активное вмешательство России, это будет означать для Германии «казус федерис». Обмен письмами, сопровождавшийся взаимными визитами начальников генеральных штабов двух держав, не прекращался вплоть до начала мировой войны.
Однако Россия, пережив поражение в войне с Японией и революцию 1905-1907 гг., не могла оказать Сербии эффективную помощь. На заседании Совета министров, проведенном у царя, после заявления представителей военного и морского ведомств о неготовности страны к войне было принято решение в случае вооруженного столкновения между Австро-Венгрией и Сербией соблюдать строгий нейтралитет. Но и Австро-Венгрия не отваживалась в одиночку прибегнуть к военной силе, чтобы преодолеть сопротивление Сербии. Между тем Берлин стремился изолировать и унизить Россию, после чего, как считал Бюлов, кольцо окружения вокруг Германии было бы уничтожено раз и навсегда. Мучительно тянувшийся кризис был внезапно прерван германским канцлером в марте 1909 г. Противодействие аннексии Боснии и Герцеговины со стороны Сербии Германия сломила, прибегнув к мощной, хотя и дипломатически завуалированной и косвенной, угрозе войны против России. 19 марта Мольтке писал Конраду, что «не будет медлить нанести удар, чтобы поддержать одновременное австрийское наступление». В другом послании Мольтке характеризовал Боснийский кризис как возможность начать войну, которая при таких благоприятных условиях едва ли может скоро представиться.
Россия вынуждена была отступить перед фактическим ультиматумом и, со своей стороны, принудила Сербию к уступке Австро-Венгрии. Сыграло свою роль и то обстоятельство, что Великобритания еще в ноябре 1908 г. не поддержала высказанную Извольским во время визита в Лондон готовность признать аннексию Боснии и Герцеговины в обмен на усиление позиций России в отношении Черноморских проливов. Это укрепило в Берлине надежду, что в случае войны между Германией и Россией Британская империя сохранит нейтралитет. Публичное унижение побудило Россию ускорить свои вооружения на суше и на море. Нового отступления России и Сербии перед германо-австрийской военной угрозой, как это было в конце Боснийского кризиса, в будущем уже нельзя было ожидать.
Как отмечал С. Фей, результаты аннексионистского кризиса продолжали длительное время оказывать воздействие на международные отношения, и «их можно считать одной из причин войны 1914 г.». Хотя в 1909 г. полагали, что Эренталь добился блестящей победы, ставшей крайне унизительной для России и Сербии, однако «это была одна из тех пирровых побед, которые приносят больше неудач, чем успехов». Если Извольский испытывал ожесточенную враждебность главным образом против монархии Габсбургов, то панславистская пресса настраивала российскую общественность прежде всего против Германии.